Debido a las condiciones en las que se encontraba la madre de Naruto, quien era la Jinchūriki del Nueve Colas, el nacimiento de Naruto se tuvo que realizar de una manera muy cautelosa. Al momento de dar a luz, el sello que contenía a la bestia del Jinchūriki, se debilitó, entonces, era necesario fortalecerlo una vez que el parto se haya realizado. Naruto nació en un cuarto protegido por una barrera y sólo fue presenciado por sus padres, Kushina Uzumaki y Minato Namikaze, además de Biwako Sarutobi, esposa de Hiruzen Sarutobi y Taji, una ninja médico que ayudó durante el nacimiento.

Naruto recién nacido junto a su madre.

Una vez nació Naruto, Minato estaba a punto de fortalecer el sello de Kushina, pero apareció un hombre enmascarado quien secuestró a Naruto. Minato logra salvar a Naruto pero, debido a esto, es incapaz de proteger a Kushina, quien es raptada por el enmascarado. El enmascarado reveló que su intención era liberar al Nueve Colas para atacar a la aldea de la hoja, aprovechando la debilidad en la que se encontraba el sello de Kushina. Minato colocó a Naruto y, posteriormente, a una Kushina debilitada en un casa de seguridad mientras él decidió encargarse de la situación. Finalmente, el Nueve Colas demostró un gran poderío y Minato decidió sellar una parte del chakra del Nueve Colas dentro de Naruto para que se convirtiera en un Jinchūriki.